Nombre destacado de la pintura vasca, su estilo se puede definir como una figuración expresionista, que frecuentemente queda oculta bajo una gestualidad muy libre y a veces matérica, en colores mayormente oscuros. Goenaga se niega a etiquetas, aunque dice moverse en la figuración “casi siempre”, que a veces queda “más diluida”.

El arte de Goenaga se inclina recurrentemente a temas etnográficos, de la pintura rupestre, la mitología vasca, y el paisaje. Inspirado por la orografía y clima locales, Goenaga opta por colores terrosos, pétreos y oscuros, aunque en ocasiones sorprende con fogonazos vivos: rojo, verde, amarillo. Otro de sus intereses es el mundo de la pareja y del desnudo, del que permanecen inéditas numerosas piezas creídas poco comerciales por su audacia.

En 2020, el cineasta estadounidense Woody Allen rodó algunos planos de su filme Rifkin's Festival recreando el taller que Goenaga tiene en Alkiza, para lo cual el pintor prestó pinturas y enseres.